Es la unidad orgánica encargada de brindar atención integral al sistema odontoestomatológico de los pacientes. Depende de la Dirección General y tiene asignados las funciones generales siguientes:

• Planificar, programar, organizar, dirigir y controlar las acciones del Departamento de Odontoestomatología del Hospital Regional Cajamarca.
• Brindar atención integral de la salud bucal, con la participación coordinada de los órganos competentes.
• Promover la salud, prevenir riesgos y daños, proteger, recuperar y rehabilitar la salud de los pacientes con patología odontoestomatológica en al ámbito de su competencia, mediante el diagnóstico precoz y tratamiento oportuno.
• Realizar atención y tratamiento especializado en odontología estomatología y cirugía bucal.
• Proponer, ejecutar y evaluar protocolos y procedimientos de atención odontoestomatológica especializada, orientados a brindar un servicio eficiente y eficaz.
• Estimular, orientar y monitorear la investigación, en el campo de su competencia, así como apoyar la docencia, en el marco de los convenios correspondientes.
• Elaborar historias clínicas, de acuerdo a estándares y ajustadas a las normas de supervisión y auditorias médicas.
• Prescribir los medicamentos e insumos médicos conforme a las normas oficiales.
• Asegurar el cumplimiento de las normas de bioseguridad. 
• Velar por el mantenimiento de los equipos y material asignado al Departamento, promoviendo su adecuado manejo por el personal encargado.
• Programar y evaluar la atención de la salud bucal, para el cumplimiento de los objetivos del Hospital.
• Otras funciones que se le asigne y correspondan.